ALTER TABLE изменяет таблицу в соответствии с текущей кодировкой. Если при выполнении ALTER TABLE выдается ошибка дублирующегося ключа, то причина либо в том, что новая кодировка отображает ключи в одинаковые значения, либо в том, что таблица повреждена. В последнем случае на таблице необходимо выполнить REPAIR TABLE.
Если работа ALTER TABLE прекращается с ошибкой, подобной приведенной ниже:
Error on rename of './database/name.frm' to './database/B-a.frm' (Errcode: 17)
то проблема может быть связана с тем, что MySQL аварийно завершился на предыдущей команде ALTER TABLE и осталась старая таблица с именем `A-что_нибудь' или `B-что_нибудь'. В этом случае перейдите в каталог данных MySQL и удалите все файлы, имена которых начинаются с A- или B- (их можно и не удалять, а куда-либо переместить).
ALTER TABLE работает следующим образом:
Создается новая таблица с именем `A-xxx' с заданными в запросе изменениями.
Все строки старой таблицы копируются в `A-xxx'.
Старая таблица переименовывается в `B-xxx'.
`A-xxx' переименовывается в имя старой таблицы.
Удаляется `B-xxx'.
Если что-то приключится при операции переименования, MySQL попытается отменить изменения. Если случится что-то серьезное (чего произойти, конечно, не должно), MySQL может оставить старую таблицу именованной как `B-xxx' - в этом случае, однако, для восстановления данных достаточно будет просто переименовать ее на системном уровне.