встраиваемый сервер имеет следующие ограничения:
Не поддерживает таблицы ISAM (это сделано главным образом для уменьшения размеров библиотеки)
Не поддерживает функции UDF (функции, определяемые пользователем).
Не отслеживаются стеки на дампе оперативной памяти.
Нет внутренней поддержки RAID (обычно этого не требуется, так как большинство операционных систем в настоящее время имеют поддержку для больших файлов).
встраиваемый сервер MySQL нельзя установить как головной или подчиненный сервер репликации
К встраиваемому серверу нельзя подсоединиться из внешнего процесса через сокеты или по протоколу TCP/IP.
Некоторые из этих ограничений могут быть изменены путем редактирования включаемого файла `mysql_embed.h' и перекомпилирования MySQL.